Совет глав государств

Совет Глав государств Центральной Азии по проблемам бассейна Аральского моря является высшим органом МФСА.

Заседание Глав государств проводится не реже одного раза в 3 года.

Совет Глав государств вырабатывает и рекомендует политику по приведению производственных сил региона в соответствие с его природно-ресурсным потенциалом, рекомендует к утверждению межгосударственные правовые и нормативные акты, общие для всех государств региона принципы управления, использования и охраны водных ресурсов, регулирует межгосударственные отношения в области водохозяйственной и природоохранной деятельности.

Совет Глав государств также назначает Президента МФСА на определённый срок, принимает решение о ликвидации, реорганизации или переводе Исполкома МФСА в другое государство. По решению Совета Глав государств может быть прекращена деятельность МФСА.