Исполнительный Комитет МФСА является постоянно действующим органом Фонда и создаётся решением Президента МФСА, располагается на основе ротации в стране, председательствующей в МФСА. В Исполком МФСА назначаются по два представителя от каждого государства-учредителя. Руководство Исполкомом осуществляется Председателем, который назначается Президентом Фонда по согласованию с Главами государств-учредителей Фонда.
Положение об Исполкоме МФСА утверждается решением Президента Фонда. Основными задачами Исполнительного комитета МФСА являются:
- обеспечение практической реализации решений Совета глав государств-учредителей, Президента и Правления МФСА по проблемам бассейна Аральского моря;
- реализация программ и проектов, направленных на решение проблем в бассейне Аральского моря;
- координация деятельности филиалов Исполкома, специальных агентств и фондов содействия по оздоровлению социально-экологической обстановки и бассейне Аральского моря, расположенных на территориях государств учредителей Фонда;
- содействие работе Межгосударственной Координационной Водохозяйственной Комиссии (МКВК) и Межгосударственной Комиссии по Устойчивому Развитию (МКУР);
- расширение взаимодействия с международными организациями, странами-донорами, экологическими и другими фондами для активизации деятельности по проблемам охраны окружающей среды и реабилитации экологически неблагоприятных территорий.
